Filipinler'in güneyinde bulunan ve Müslümanların yoğun olarak yaşadıkları Moro, Mindanao ve bunlara bağlı bazı adalarda 1970'ten buyana Müslümanlar tarafından bağımsızlık mücadelesi verilmektedir. Müslümanların bağımsızlık mücadelesini koordine etmek üzere ilk ortaya çıkan hareket 1972'de kurulan Moro Ulusal Kurtuluş Cephesi'dir. Bu cephenin liderliğini kuruluşundan buyana Nur Misvari yapmaktadır. Hareketin kuruluşunda Misvari'den sonra gelen ve Kahire'de İslâmi ilimler öğrenimi görmüş olan Selâmet Haşim ise MNLF'nin lideri Nur Misvari'nin laik bir anlayışa sahip olduğu gerekçesiyle 1977'de bu hareketten ayrılarak Moro İslâmi Kurtuluş Cephesi adında bir başka örgüt kurmuştu.
Moro Ulusal Kurtuluş Cephesi (MNLF) 12 yıl süren mücadeleden sonra Ekim 1992'de Filipinler hükümetiyle ateşkese gitmişti. 16 Nisan 1993'te de Endonezya'da "barış" görüşmeleri başlatıldı. 7 Kasım 1993'te bir ateşkes anlaşması ve bir de ilkeler anlaşması imzalandı. Sonuçta üç yıldan fazla süren görüşmelerden sonra Moro ve Mindanao adalarının bulunduğu Güney Filipinler'e MNLF öncülüğünde özerklik verilmesi üzere bir anlaşma imzalanması konusunda ittifak sağlandı. Bu konuda hazırlanan ilk barış anlaşması taslağı da 23 Haziran 1996'da Güney Filipinler'in Davao kentinde parafe edildi. 2 Eylül 1996 tarihinde de bu anlaşma Endonezya'nın başkenti Jakarta'da taraflarca imzalanarak resmen uygulamaya geçirildi.
Anlaşma, Güney Filipinler'deki 14 bölgeye özerklik verilmesini öngörüyor. Ancak ilk geçiş döneminde MNLF'nin bu 14 bölgenin yönetiminde herhangi bir rolü olmayacak. Sadece Barış ve Kalkınma Meclisi adı altında bir meclis oluşturulacak ve başkanlığına da Nur Misvari getirilecek. Bu meclis bölgedeki yerel yönetimlere sadece bazı tavsiyelerde bulunabilecek. Bu tavsiyelerin uygulanması zorunluluğu olmayacak. Barış ve Kalkınma Meclisi'ne bağlı olarak Müslümanların dini işlerinin koordinasyonuyla ilgilenmek üzere bir Fetvâ Dairesi oluşturulacak. Bu dairenin yetkilileri söz konusu meclisin başkanı tarafından atanacak.
Barış ve Kalkınma Meclisi'nin görev yapacağı geçiş dönemi üç yıl sürecek. Bu sürenin bitiminde söz konusu 14 bölgede referanduma gidilerek halktan "özerkliği mi yoksa Manila yönetimine bağlı kalmayı mı" istedikleri sorulacak. Bu referandumda halkının çoğunluğu özerkliği isteyen bölgelere tam özerklik verilecek.
Moro İslâmi Kurtuluş Cephesi (MILF) ve daha radikal görüşleriyle tanınan Ebu Seyyaf grubu Barış ve Kalkınma Meclisi'ne idari ve siyâsi açıdan hiçbir yetkinin verilmemesi ve söz konusu 14 bölgeye özerklik verilmesinin referandum şartına bağlanması dolayısıyla karşı çıkıyorlar. Bölgede 1946'dan buyana uygulanan nüfus kaydırma politikası dolayısıyla özerklik verileceği bildirilen 14 bölgenin çoğunda hıristiyanların oranı artırılmış durumda. Bundan dolayı referandumdan "özerklik" lehine oy çıkacak bölge sayısının 4'ü geçmeyeceği sanılıyor. Bu sebepten dolayı sözü edilen gruplar özerkliğin referandum şartına bağlanmasına karşı çıkıyorlar. Ancak anlaşmanın imzalanmasıyla birlikte MNLF gerillaları büyük ölçüde bağımsızlık mücadelesinden tecrit edilmiş oldular. Bu yüzden MILF ve Ebu Seyyaf grubuna mensup mücâhitler hükümet kuvvetleri karşısında yalnız bırakıldılar. Bu durumda bağımsızlık mücadelesini sürdürmeleri zor olacak. Dolayısıyla gelişmelerin nasıl devam edeceğini şimdiden tahmin etmek zor.
Malezya hükümeti kurulacak özerk Moro yönetimine ekonomik açıdan destek vereceğini açıkladı. Malezya dışişleri bakanı Abdullah Bedevi, Filipinler yönetimiyle MNLF arasında bir barış anlaşması imzalanmasını olumlu bir gelişme olarak gördüklerini ve kurulacak Moro yönetimine yardımcı olacaklarını bildirdi. Malezya başbakanı Dr. Mahatir Muhammed de konuyla ilgili açıklamasında Malezya şirketlerini Güney Filipinler bölgesine yatırım yapmaları için teşvik edeceklerini ifade etti. Mahatir Muhammed, Güney Filipinler bölgesinin doğal zenginlikler açısından Malezya'nın bazı bölgelerinden daha zengin olduğunu ancak güvenlik olmaması yüzünden kimsenin bölgeye yatırım yapma cesareti gösteremediğini de dile getirdi.
Moro'daki bağımsızlık mücadelesinin başladığı tarihten buyana taraflardan toplam olarak 125 bin kişinin hayatını kaybettiği tahmin ediliyor.